巧克力囊肿是属于子宫内膜异位症的一种表现，是属于卵巢型的子宫内膜异位症，卵巢上长囊肿，囊肿里积的都是血，都是陈旧性的血液，因为这种陈旧性的血液在时间长了之后，在液体吸收一部分之后变成巧克力样的东西，所以一般叫巧克力囊肿。
巧克力囊肿也就是子宫内膜异位症，因为有40%的人怀孕有可能会出现问题，可能会出现不孕症这一类的问题。所以有巧克力囊肿的人，实际上怀孕是非常重要的事情。
巧克力囊肿，一般长到一定程度是需要做手术的，一个就是要看长的时间、长的速度、长的大小。大多如果长到4个厘米以上，就建议要手术，但是如果刚好是在边界上，比如三点几、四点零刚出头，如果这时候怀孕了，难道需要做流产，完了再做手术。
实际上大多还是可以接着怀孕下去。因为实际上怀孕哺乳期不来月经的阶段，对子宫内膜异位症巧克力囊肿来说，是一个很好的治疗的作用。有一些巧克力囊肿，在怀孕以后，随着这种好长时间的不来月经，巧克力囊肿有可能会慢慢的变小。
巧克力囊肿一般长在卵巢上，卵巢上的巧克力囊肿不会随月经排出体外。巧克力囊肿是女性的子宫内膜异位到盆腔形成的囊肿，通常异位到卵巢上，容易形成褐色的巧克力样的液体，因此称之为巧克力囊肿，属于子宫内膜异位症的一种。
在月经期间，异位的子宫内膜也会出血，导致巧克力囊肿变大，甚至破裂，但囊液会流到腹腔内，不会随月经排出体外。巧克力囊肿的破裂容易引发疼痛、盆腔积液增多等情况，建议患者尽早就医。
小的囊肿可以观察或进行药物治疗，大的需要手术治疗。建议患者到医院和医生进行充分沟通，再选择具体的治疗措施。