生化妊娠的危害相对较轻。生化妊娠指胚胎只完成受精卵结合而不着床于子宫内，母体损伤相对较轻。出现生化妊娠则表明受精卵质量差而自然淘汰，以避免生化妊娠和自然流产。
生化妊娠跟自然流产最明显的差别就是有无孕囊的问题，生化妊娠通常可以通过查血发现hcg值增高，但b超却无法看到孕囊的存在，伴随而来的就是类似于来经的流血现象。而自然流产则表现为b超检查发现孕囊时阴道出血，孕囊被排除。
生化妊娠对于女性的身体并没有太大的影响，可随后再怀孕，自然流产则很可能是流不完的，留下的残留物需清宫处理，通常推荐3个月以后再怀孕处理。
从症状上来看，生化妊娠一般表现就像来月经晚了几天，肚子疼会稍微厉害点，阴道出血也就是月经量会比平时稍多一些，就像来一次月经的感觉差不太多。而自然流产一般肚子会很痛，出血也会比月经量多很多，同时会排出烂肉样粉色的胎囊和粉色的子宫内膜组织，出现了这种情况是要及时上医院来处理的。